La Comisión Nacional de Protección Social en Salud es un órgano desconcentrado de la Secretaría de Salud con autonomía técnica, administrativa y operativa que se encarga de la provisión de los servicios de salud a la población beneficiaria del Sistema de Protección Social en Salud. Trabaja de manera coordinada con los Regímenes Estatales de Protección Social en Salud (REPSS) y los proveedores de servicios de salud públicos o privados en las entidades federativas.

Los Regímenes Estatales de Protección Social en Salud (REPSS) son los responsables de promover y gestionar los servicios de protección en salud, administrar los recursos, supervisar a los prestadores de servicios y el pago de los mismos, así como afiliar a los beneficiarios al Seguro Popular, al Seguro Médico para una Nueva Generación y a la Estrategia Embarazo Saludable a través de los Módulos de Afiliación y Orientación

La Comisión busca brindar a la población que no cuenta con seguridad social, el acceso a un esquema de protección financiera que proteja la salud y el patrimonio de las familias. Para lograr su objetivo la Comisión cuenta con diversas estrategias y programas de atención a la población, entre ellos Seguro Popular, Embarazo Saludable, Seguro Médico para una Nueva Generación, Oportunidades en su componente de Salud y cirugía extramuros.